学科 : 计算机科学与技术、生物医学工程
方向 :生物医学图像分析、生物信息学、冷冻电镜三维重构
电子邮件 :zhangfa@bit.edu.cn
办公地址 :北京市海淀区中关村南大街5号北京理工大学7号教学楼319
个人简历
张法，博士，北京理工大学长聘教授，中科院计算所客座研究员，博士生导师。现任IEEE 计算生命科学专委会 (TCCLS)主席，中国计算机学会生物信息学专委会秘书长。主要从事生物信息学、多模态生物医学数据处理等方面的研究：研发了国内首款冷冻电镜三维重构软件-AuTOM，获2021年国际三维模型检索挑战赛冷冻电镜生物图像分类大赛全球第一名；开发了系列医学病理图像分类分级AI处理技术，相关研究成果已在多家医院应用。作为项目负责人和主要参与人承担了多项科技部重点研发专项、国家自然科学基金重点、国际合作重大和专项项目等项目。在Cell Research、Natural Communication、Sciences Advances、Briefing in Bioinformatics等国际期刊和ICCV、ISMB、MICCAI等顶级国际会议发表论文160余篇，获得MICCAI 2022 Best Paper。
教育培训经历
2000.09-2005.06 中国科学院计算技术研究所 博士
2002.09-2005.04 美国俄亥俄州立大学 交换访问学生
工作经历
2022.11-至今 北京理工大学医学技术学院 长聘教授
2005.07-2022.10 中国科学院计算技术研究所 历任助理研究员、副研究员、研究员
2009.10-2010.02 西班牙胡安卡洛斯国王大学 访问科学家
学术任职
IEEE 计算生命科学专委会 (Technical Committee on Computational Life Sciences) ，主席
中国计算机学会CCF生物信息专委会，秘书长
中国生物物理学会冷冻电镜分会， 理事
中国人工智能学会CAAI生物信息学与人工生命专委会，常委
国际期刊 International Journal of Data Mining and Bioinformatics，编委
国际期刊 Journal of Computer Science and Technology 青年编委
医学影像人工智能湖南省重点实验室， 学术委员会委员
西安市计算生物信息学重点实验室，学术委员会委员
研究领域
多模态生物医学数据分析、生物信息学、冷冻电镜三维重构
讲授课程
《计算机算法》、《生物信息学》、《高性能计算》
教材及专著
参与项目
1. 国家自然科学基金重点项目“冷冻电子断层成像原味结构解析新技术和新方法研究”， 负责人，项目编号：32241027，2023.1– 2026.12
2. 国家自然科学基金重点项目“生物大分子冷冻电镜数据高效能处理的关键技术”， 负责人，项目编号：61932018，2020.1– 2024.12
3. 中国科学院战略性先导科技专项（A 类） “器官重建与制造”，子课题负责人，项目编号：XDA16021402， 2021.11-2022.12
4. 国家重点研发计划“蛋白质机器的冷冻电镜亚纳米分辨率原位结构解析技术及应用”，课题负责人，项目编号：2017YFA0504702，2017.7– 2022.6
5. 国家重点研发计划“基于 DNA 自组装的纳米载药系统研究”，课题负责人，项目编号：2017YFE0103900，2018.1– 2021.6
6. 国家自然科学基金-广东联合基金重点项目“基于天河二号的生物医学健康大数据应用支撑平台”，子课题负责人，项目编号：U1611261，2017.1 – 2020.12
7. 国家自然科学基金国际合作重点项目“高效能数据中心-数据中心资源的优化组织与调度”，执行负责人，项目编号：61520106005，2016.1 – 2020.12
8. 中科院战略性科技先导专项（B 类）“超大分子复合体的电镜三维重构技术”，子课题负责，项目编号：XDB08030202，2014.1 – 2018.12
9. 国家自然科学基金重点项目“面向复杂生物数据处理的高效计算方法”，子课题负责人, 项目编号：61232001，2013.1-2017.12
10. 国家自然科学基金国际合作重大项目“绿色网络-降低网络能耗的理论与技术”，执行负责人，项目编号：61020106002，2011.1-2014.12
11. NSFC-香港研究资助局联合项目“大规模数据中心的功耗最小化和资源利用最大化”，执行负责人，项目编号：61161160566，2012.1-2014.12
12. 中国科学院知识创新工程重大项目“冷冻电镜二维图像处理方法与三维重构研究”，课题负责人，项目编号：KGCX1-YW-13，2007.12 – 2010.12
13. 国家自然科学基金重点项目“生物信息学示范应用”，子课题负责人，项目编号：90612019，2006.1 – 2009.12
14. 国家自然科学基金委主任基金“高性能算法设计与分析”， 执行负责人，项目编号：60752001，2007.4 – 2009.3
15. 国家自然科学基金面上项目“蛋白质空间结构的同源建模及其并行化研究”，负责人，项目编号：60503060，2006.1 – 2008.12
SCI Journal paper
1、 H Zhang, H Li, F Zhang*, P Zhu*. A strategy combining denoising and cryo-EM single particle analysis. Briefings in Bioinformatics, 2023, bbad148
2、 Y Yu, P Ding, H Gao, G Liu, F Zhang*, B Yu*. Cooperation of local features and global representations by a dual-branch network for transcription factor binding sites prediction. Briefings in Bioinformatics, 2023, 24(2), bbad036
3、 Z Peng, W Wang, R Han, F Zhang*, J Yang*. Protein structure prediction in the deep learning era, Current Opinion in Structural Biology, 2022, 77, 102495
4、 B He, Y Zhang, F Zhang*, R Han*. Correction of image distortion in large-field ssEM stitching by an unsupervised intermediate-space solving network. Bioinformatics, 2022, 38 (20), 4797-4805
5、 Y Hao, X Wan, R Yan, Z Liu, J Li, S Zhang*, X Cui*, F Zhang*. VP-Detector: A 3D multi-scale dense convolutional neural network for macromolecule localization and classification in cryo-electron tomograms. Computer Methods and Programs in Biomedicine, 2022, 221, 106871
6、 Z Lv, Y Lin, R Yan, Y Wang*, F Zhang*. TransSurv: Transformer-based Survival Analysis Model Integrating Histopathological Images and Genomic Data for Colorectal Cancer. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2022, DOI: 10.1109/TCBB.2022.3199244
7、 H Li, H Zhang, X Wan, Z Yang, C Li, J Li, R Han*, P Zhu*, F Zhang*. Noise-Transfer2Clean: Denoising cryo-EM images based on noise modeling and transfer. Bioinformatics, 2022, 38 (7), 2022–2029
8、 C Liu, W Liu, S Wang*, H Li, Z Lv, F Zhang*, D Zhang, J Teng, T Zheng, D Li, M Zhang, P Xu, Q Gong*. Super-resolution nanoscopy by coherent control on nanoparticle emission. Science Advances, 2020, 6, eaaw6579
9、 R Yan, F Ren, Z Wang, L Wang, T Zhang, Y Liu, X Rao*, C Zheng*, F Zhang*. Breast cancer histopathological image classification using a hybrid deep neural network. Methods, 2020, 173 (1), 52-60
10、 F Xu, M Zhang, W He, R Han, F Xue, Z Liu, F Zhang*, J Lippincott-Schwartz*, P Xu*. Live cell single molecule-guided Bayesian localization super resolution microscopy. Cell research, 2017, 27 (5), 713-716
EI Journal paper
中文论文
专利
1. 基于多模态深度学习的病理分类方法及系统，中国，201910452839.1，2019年5月28日，排名第一 （已授权）
2. 多租户数据中心能效优化方法、系统及联合建模方法，中国，201811426169.8，2018年11月27日，排名第一 （已授权）
3. 一种基于卷积神经网络的三维颗粒类别检测方法及系统，中国，202010563714.9，2020年6月19日，排名第一
4. 一种贝叶斯显微成像方法，中国，201610282305.5，2018年8月31，排名第二（已授权）
5. 一种电子断层图像中胶体金的直径估计及自动识别方法，中国，201510483078.8, 2018年1月26日，排名第三（已授权）
6. 一种高分辨率遥感图像变化检测方法、系统及装置，中国， 202010079647.3，2020年2月5日，排名第三
7. 一种基于磁共振血管造影图像的脑血管分割方法和系统，201911105440.2，2019年11月14日，排名第三
8. 芸香科多物种密码子使用模式分析方法和系统，中国，201910580198.8，2019年7月1日，排名第三。 （已授权）
所获奖励/荣誉
2022年国际会议MICCAI最佳论文奖
2021 年国际三维模型检索挑战赛(SHREC2021)冷冻电镜电子断层生物图像分类大赛，第一名
2021年度中科院计算所奖教金
2020 年中科院“先导杯”并行计算应用大奖赛优胜奖
2018 年、2012 年、2009 年中科院计算所优秀科研人员
2016 年“天河之星”优秀应用奖